De Dienst Uitvoering Onderwijs maakt als baten-lastendienst deel uit van het ministerie van OCW. Het 'Organisatie en mandaatbesluit OCW 2008' verleent de directeur-generaal DUO (DG-DUO) mandaat, zodat de organisatie in staat is zijn taken uit te voeren. Ook andere departementen kunnen mandaat verlenen aan de DG-DUO. In de ondermandaatregeling geeft de DG-DUO aan welke functionarissen er binnen DUO ondermandaat krijgen.